این موسسه در سال 1389 به همت جمعی از پژوهشگران حوزه علمیه قم با مأموریت «مقابله دانش بنیان با معنویت‌های نوظهور»، به عنوان یک سازمان مردم نهاد در ورزات کشور ثبت شد و فعالیت خود را آغاز نمود. بهداشت معنوی در طول مدت فعالیت خود نقش پشتیبانی علمی بسیاری از نهادهای فرهنگی کشور را به عهده گرفت و با آموزش تخصصی به طلاب برگزیده توسعه یافت.
