امام باقر(ع) فرزندامام سجاد (ع)وفاطمه دختر امام حسین(ع) است.چون نسب او هم به امام حسن(ع) و هم به امام حسین(ع)می‌رسد، به او لقب هاشمیٌ بین هاشمیَین، علویٌ بین علویَین و فاطمیٌ بین فاطمیَین داده‌اند.

بر پایه حدیث لوح که جابر بن عبدالله انصاری روایت کرده، پیامبر اسلام پیش از به دنیا آمدن امام باقر(ع) نام او را محمد و لقبش را باقر(شکافنده) قرار داده بود.او ملقب به «باقرالعلم»، «شاکر»، «هادی» و «امین» بود؛اما مشهورترین لقبش «باقر» (شکافنده) است.یعقوبی می‌نویسد: «بدان سبب باقر نامیده شد که علم را شکافت.»به گفته شیخ مفید امام باقر(ع) در علم،زهد و بزرگواری از همه برادرانش برتر، و قدر و منزلتش بیشتر بود و همه او را به عظمت می‌ستودند.

کنیه معروفش «ابوجعفر» است در منابع روایی بیشتر با عنوان ابوجعفر اول از وی یاد می‌شود تا با ابو جعفرثانی (امام جواد) (ع)اشتباه نشود.