در زمان‌های مختلف، بر اثر عوامل طبیعی و انسانی صدمات فراوانی متوجه مسجد گوهرشاد شده‌است؛ از جمله درزمین لرزه سال ۱۰۸۴، ایوان مقصوره صدماتی دید که بازسازی گشت و همچنین از جمله مرمت‌های دیگر مسجد پس از گلوله‌باران روس‌ها در سال ۱۳۳۰ هـ. ق بود که به صدمه دیدن گنبد و ایوان‌های مسجد منجر گردید که در سال ۱۳۳۹ هـ. ق گنبد و ایوان مقصوره و ایوان‌های شرقی و غربی مسجد مرمت گردیدند. گنبد ایوان مقصوره، در سال ۱۳۳۹ش برای مرمت اساسی تخریب گشت و ساخت مجدد آن توسط معماران ایرانی وزیر نظر مهندس عباس آفرنده و با رعایت همان ویژگی‌های گذشته و حفظ مشخصات اصلی آغاز گردید و در سال ۱۳۴۱ش خاتمه یافت که در همان زمان نیز سنگ‌های ازاره داخل ایوان مقصوره تعویض گردید و کف ایوان با سنگ‌های مرمر مفروش گشت و در سال ۱۳۴۵ش دور ساقه گنبد با کاشی معرق کتیبه‌ای مزین گردید